微生物領域在實質審查階段較常出現(xiàn)的審查意見包括：在分類單元上歸屬于同屬或同種的微生物具有相同的生理生化特征，對比文件中已經(jīng)教導了某菌具有治療某種疾病的功能，可見所述菌種普遍具有所述功能，進而認定本申請請求保護的菌株為本領域常規(guī)的菌株，結合本領域普通的技術知識，本申請的技術方案是顯而易見的，因此，權利要求不具備專利法第22條第3款規(guī)定的創(chuàng)造性。

對于這類的審查意見應該怎樣進行答復呢，下面通過實例進行具體講解：

本申請的權利要求1請求保護一種格氏乳桿菌。對比文件1中公開了一種格氏乳桿菌，其保藏編號為GDMCC No: 63709，并且具體公開了此格氏乳桿菌具有修復陰道炎引起的氧化損傷相關癥狀，緩解皮膚衰老的作用。

本申請請求保護的技術方案與對比文件1公開內容相比，區(qū)別技術特征在于限定的菌株不同：本申請格氏乳桿菌的保藏編號為GDMCC No. 64112；對比文件1中公開的格氏乳桿菌的保藏編號不同于本申請。

基于上述，審查意見中指出：

針對上述審查意見，主要可從以下三點進行答復：

首先，菌株是自然界分離得到的任何一種微生物的純培養(yǎng)物都可以稱為微生物的一個菌株。用實驗方法所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱為一個新的菌株，以便與原來的菌株相區(qū)別。同種或同一亞種的不同菌株之間，某些生物學特征可能存在一定的差異。

其次，菌株的生理生化特征是指菌株對于生理條件（如pH、溫度、氧氣、滲透壓等）和生化指標（如唯一碳源、抗生素、酶、鹽堿性）的代謝反應，對微生物生理生化特征的比較也是對微生物基因組的間接比較。同種的微生物具有相同的生理生化特征并不代表其具有相同的作用功能，二者是完全不同的概念。

2.重新認定解決的技術問題

本申請的說明書中記載了格氏乳桿菌JM6能夠治療陰道炎，具體為：

（1）格氏乳桿菌JM6能夠使血清中TNF-α、IL-1β、IL-6的含量降低，并且升高IL-10的含量。

（2）格氏乳桿菌JM6能夠顯著下調陰道髓過氧化物酶活性。

（3）格氏乳桿菌JM6可通過抑制中性粒細胞的浸潤改善陰道局部感染癥狀。

（4）格氏乳桿菌JM6干預明顯改善炎癥基因的表達量，使其與正常組更接近。

綜上，本申請的格氏乳桿菌能夠顯著降低血清炎癥因子TNF-α、IL-1β、IL-6的含量，促進抗炎因子IL-10含量的回升；顯著下調陰道髓過氧化物酶（MPO）活性，且效果與陽性藥相當；明顯恢復陰道炎引起的局部組織受損、脫落，改善陰道黏膜完整性及中性粒細胞浸潤情況；陰道炎相關的炎癥基因具有明顯的調節(jié)作用，顯著下調了IL-1β，IL-6，COX-2和iNOS的mRNA相對表達水平，顯著上調抗炎因子IL-10的mRNA相對表達水平。

對比文件1中記載了格氏乳桿菌相較于模型組TNF-α下降了32.06%。

綜上，對于審查意見中指出的“所述菌種普遍具有某種功能，故本申請請求保護的菌株不具備創(chuàng)造性”的問題時，應當首先明確雖然兩個菌株屬于同一種，但不同菌株所具有的作用功能是不同的，本領域的技術人員無法進行預期。其次結合本申請和對比文件進行具體分析，重新確認本申請解決的技術問題，并進行非顯而易見性分析。